利用微生物和其他生物，将土壤、水体中的危险性污染物在现场降解为CO2和H2或转化为无害物质的工程技术系统称为生物修复。它是传统生物处理方法的延伸，其最大特点是可以对大面积的污染环境，如石油污染和农田农药污染等进行治理。在生物修复中，目前使用最广、效果最佳的是微生物修复。微生物修复不仅能有效降低环境中的有机污染物，而且能消除环境中的无机污染物。
在微生物修复过程中，应充分考虑微生物活性、污染物特性和环境状况对环境修复的影响。
1、污染物特性
在微生物修复过程中，要了解污染物的特性，测定污染的程度和生物可利用性，以判断能否采用和如何采用微生物修复技术。在能采用微生物修复的环境中，添加一些表面活性剂可以增加污染物与微生物细胞接触的机会，因而会显著提高一些污染物的生物降解速率。
2、环境状况
在污染环境现场，要了解微生物营养基质、电子受体、pH、温度和共代谢底物等。尽量改善适合微生物生长繁殖的条件，有利于微生物修复的成功。
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