1、铜矿石的微生物浸出
细菌浸铜工艺分地面废石堆浸和地下就地浸出。堆浸用于处理传统选冶技术难以处理的低品位矿、废矿、尾矿和表外矿，地下就地浸出用于品位高但无法采至地面的矿石。
黄铜矿是最主要的铜矿物，属四方晶系矿物，其晶格能比常见硫化物高很多，故较难浸出。
目前大多采用萃取一电积技术从浸出液中提取铜，微生物浸铜技术的成功提高了生物冶金的竞争力。
2、铀矿石的微生物浸出
细菌浸铀工艺主要采用地下就地浸出，其次还有堆浸和槽浸，其对象为低品位铀矿石和地下不能采出的富铀矿石。铀的微生物浸出主要为间接氧化作用，在硫酸、硫酸高铁或硫杆菌属细菌存在下，不溶性四价铀转变成可溶性的六价铀，Fe2+是铀矿氧化反应的电子传递者.浸出得到含铀溶液后用离子交换吸附或溶剂萃取的方法提取铀。
3、难处理金矿的生物氧化预处理
金矿资源中有1/3属于用传统氰化法难于提取的“难处理”金矿 。这类矿可分为3类：
（1）含金硫化矿
金具有亲硫和亲铁的双重性质，故常常与硫化矿物共生，黄铁矿和砷黄铁矿（毒砂）是常见的载金矿物。金常以固溶体或次显微形态包裹在其中。直接氰化浸出时，包裹金无法与浸出剂直接接触。
（2）碳质金矿
金被碳质物包裹或与碳质物形成稳定配合物，阻碍用传统氰化法回收金。
（3）黏土型金矿
细菌氧化能破坏金的包裹体释放出金，是难处理金矿预处理的有效手段。以含金砷黄铁矿的细菌氧化预处理为例，常用菌种为硫杆菌属，采用槽浸工艺。
溶于浸出液中的三价砷比五价砷毒性要大，故处理含砷矿石的工艺流程须考虑以生态环境可以接受的形式排放固态或液态的含砷废物。对浸出液中砷的稳定存在形式目前尚存不同观点，表明微生物氧化预处理含砷金矿的原理还有待进一步研究。
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