1、促进土壤形成
土壤是农作物生长的基础，由岩石风化而成。岩石经过物理、化学因素长时间的作用后变成岩石粉末，再形成“土”。土中有了有机物和微生物后，通过其中微生物的活动，土慢慢变成“壤”，让农作物能够生长，并提供丰富的矿质元素。土在形成具有生物活性的土壤过程中，微生物担当了主力军的作用。可以这样说，没有微生物的作用，就不可能有供农作物生长的土壤的形成。
2、增加土壤肥力
这是微生物肥料的主要功效。所谓土壤肥力是指土壤供给农作物生长所需养料的能力。微生物是土壤肥力的最大贡献者。土壤是微生物的大本营，在那里长年生活着数量庞大、种类繁多的微生物群体。它们在生命活动过程中，不断分解土壤中的有机物，转化成腐殖质，促进土壤团粒结构形成，增加土壤肥力。同时它们每一个细胞又是一个小小的化肥加工厂，直接“生产”各种“化肥”，供农作物吸收，如固氮微生物利用空气中分子氮合成为农作物能吸收的氨；磷细菌能使土壤中难溶解的磷转化为农作物易吸收的磷；硅酸盐细菌能使钾长石中的钾变为可溶性钾，利于农作物吸收。微生物细胞本身也富含营养，死亡后也被分解转化为农作物可吸收的营养基质。微生物一生辛勤耕耘、默默无闻、任劳任怨地为农作物源源不断地提供可利用的N，P，K等元素营养，减少其他肥料的用量，降低了农业生产成本，真是劳苦功高，甘当幕后“英雄”。
3、增强作物抗性
在植物根圈范围中，生存着许多对植物有益的植物根圈促生细菌。它们在生长代谢过程中能产生许多促进生长的物质、多种抗生素、胞外溶解酶和氰化氢等，抑制有害微生物生长，减少病虫害对作物的侵害，增强作物抵抗病虫害的能力。
4、提高作物品质
许多研究证明，使用微生物肥料后能提高农产品的内在含量，如蛋白质、糖、维生素等物质的含量均有所提高。在有些情况下，改善产品品质比提高产量的好处更大。
5、减少环境污染
由于滥用化肥、污水灌溉等不良行为造成土壤质量下降、环境污染、农产 品安全受到了极大影响。而使用微生物肥料，可以消耗利用城市生活垃圾和农业废弃物，增加土壤肥力，改善土壤性能，减少环境污染。
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