清洁和消毒工艺的监控与评价是良好的微生物检控系统的体现，药品、食品、化妆品等不仅在生产过程中会受到微生物的污染，在检验过程中也会被污染，除非生产和实验室设施的微生物污染处于受控制状态或者完全被消除（如采用隔离技术）。
破坏细菌营养体（细胞）或抑制细菌生长（细胞增殖）是控制微生物生长繁殖的两种最基本方法。而在实际的控制过程中，可采取物理方法、化学方法来控制或处理。物理方法是通过物理手段将携带有微生物的粒子或废物从控制性环境中清除，而化学方法则是用化学消毒剂将环境中的微生物杀灭或降低其在环境中的污染程度。
习惯上，我们将能够杀灭或抑制微生物生长的试剂（通常不能杀死芽孢）统称为消毒剂，而这种方法与措施称之为消毒。能杀灭所有微生物含杀死芽孢的方法与措施称之为灭菌。为了适应现代医药工业、食品工业和化妆品等的卫生管理及控制要求，因此，使用消毒剂杀灭环境中微生物，是一项非常普遍与重要的工作，它对保证生产过程中免受或减少微生物污染起重要保障作用。
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