提纯蛋白质后，需要测定其最小抑菌浓度（MIC），抑菌率（%）= (阳性对照OD值—试验OD值) / (阳性对照OD值—阴性对照OD值 )X100
诸多药敏试验方法中，肉汤稀释法是标准方法，琼脂稀释法也可认为属于标准方法。其他任何方法必须与标准方法比较，才能确定可靠性。其他方法之间相互比较没有太大价值。比较须平行测定耐药菌株和敏感菌株。耐药菌株，被评价方法与标准方法的误差称极重要误差，不得大于3%；敏感菌株，被评价方法的误差称重要误差，不大于7%。
1、纸片法药敏试验
用敏感菌株做质量控制。此外，ATCC25923，ATCC25922，ATCC27853三个菌株还具备校准作用，此点往往被忽视。在NCCLS有关文件中，质量控制一节的第一部分就是讲方法的校准。由于培养基和操作的原因，国内大部分实验室的药敏试验没有经过校准，试验的准确度差异很大。校准过程中，须注意用适合的参考菌株校准相应菌类的药敏试验。如葡萄球菌药敏试验用ATCC25923校准；肠杆菌药敏试验用ATCC25922校准。
2、筛选法药敏试验
必须用耐药菌株做质量控制，最好是低水平耐药菌株。MRS筛选试验以ATCC43300控制。万古霉素筛选试验，以ATCC51299控制。
3、稀释法药敏试验
对质量控制要求较高，特别是微量稀释法，必须做质量控制，否则会出现较大误差。具体方法须依照NCCLS文件的有关部分。
与不同的菌种和不同的药物，breakpoint 是不一样， 对于抗菌实验和结果解释，不同的国家有不同的标准，目前国际上最常用的是美国CLSI的标准，差不多每年都会有更新。其次英国的BSAC标准也有人用，尤其是有些新药在CLSI上没有的，可以参考BSAC， 相对于CLSI， BSAC breakpoint 更低一些。
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