所谓的微生物是指一切肉眼看不到或看不清楚，因而需要借助显微镜观察的微小生物。微生物包括原核微生物（如细菌）、真核微生物（如真菌、藻类和原虫）和无细胞生物（如病毒）三类。
主要特性
微生物最大的特点，不但在于体积微小，而且在结构上亦相当简单。由于微生物体积极之微小，故相对面积较大，物质吸收快，转化快。微生物在生长与繁殖上亦是很迅速的，而且适应性强。从寒冷的冰川到极酷热的温泉，从极高的山顶到极深的海底，微生物都能够生存。
由于微生物适应性强，又容易在较短时间内积聚非常多的个体（例如10^10个/毫升的数量级），因此容易筛选并分离到突变株。容易得到微生物突变株的性质，给人类利用与开发微生物带来广阔契机，但也是导致抗药性的内在原因。
微生物的代谢
微生物的代谢指微生物（细胞）内发生的全部化学反应。 微生物的代谢异常旺盛，这是由于微生物的表面积与体积比很大（约是同等重量的成年人的30万倍），使它们能够迅速与外界环境进行物质交换。
代谢产物 微生物在代谢过程中，会产生多种代谢产物。根据代谢产物与微生物生长繁殖的关系，可以分为初级代谢产物和次级代谢产物两类。 初级代谢产物是指微生物通过代谢活动产生的、自身生长和繁殖所必须的物质，如氨基酸、核苷酸、多糖、脂质、维生素等。在不同种类的微生物细胞中，初级代谢产物的种类基本相同。 次级代谢产物是指微生物生长到一定阶段才产生的化学结构十分复杂，对该微生物无明显生理功能，或并非是微生物生长和繁殖所必须的物质，如抗生素、毒素、激素、色素等。不同种类的微生物所产生的次级代谢产物不相同，它们可能积累在细胞内，也可能排到外环境中。
代谢的调节 微生物在长期的进化过程中，形成了一整套完善的代谢调节系统，以保证证代谢活动经济而高效地进行。微生物的代谢调节主要有两种方式：酶合成的调节和酶活性的调节。另外人工控制微生物代谢的措施主要包括改变微生物遗传特征，控制生产过程中的各种条件等。
主要分类
微生物主要分为以下几类：
. 原核微生物
. 细菌(Bacteria)
. 古菌(Archaea)
. 真核微生物
. 真菌(Fungi)
. 原生生物(protozoan)
. 藻类(algae)
. 无细胞生物
. 病毒(virus)
. 类病毒(virusoid)
. 拟病毒(viroid)
. 朊毒体（亦称朊病毒、蛋白质质感染性颗粒）(prion)
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