食品卫生是指为确保食品安全性和适用性，在食物链的所有阶段必须采取的一切条件和措施。即食品在原料生产、加工或制造、运输直至最后消费的各个阶段都必须是安全的、符合卫生要求的。食品原料在采集和加工前期，表面上往往附着很多细菌，特别是表面破损的水果、蔬菜、肉类和水产品。
因此，作为食品加工的首要环节，需要对原料采集中的关键点严格把关，杜绝一切可能存在的污染源。
1.植物性原料：健康的植物内部是无菌的，但体表存在大量的微生物。主要来自其原来所生活的环境，如细菌（假单胞菌属、微球菌属、乳杆菌属和芽孢菌属等）、霉菌（曲霉属、青霉属、交链孢霉属、镰刀霉属等）、酵母，有时还附着有植物病原菌和来自人畜粪便的肠道微生物及病原菌。受伤的植物组织或患病的果实，其内部可能含有大量的微生物。
2.动物性原料：健康的禽畜具有健全而完整的免疫体系，能有效防御和阻止微生物的侵入和在肌肉组织内扩散，所以正常机体组织内部是无菌的。而在体表、被毛、消化道、上呼吸道等器官有大量的微生物存在，患病的畜禽其器官及组织内部也可能带有病原微生物。这些微生物在加工过程中操作不当均可变成污染源污染食品。
3.空气：空气中虽有微生物存在，但空气并不是微生物的繁殖场所，因为空气中缺乏营养物质。不过空气中仍然存在着数量不等、种类不同的微生物，这主要是由于其他环境中微生物进入空气的缘故。
4.水：各种水域均具有微生物生存的一定条件，自然界的水源中都含有不同量的无机物质和有机物质。不同性质的水源中可能含有不同类群的微生物。一般来说，水中微生物的数量取决于水中有机质的含量。
5.土壤：土壤是微生物的大本营。土壤中存在着大量的有机质和无机质，为微生物提供了极为丰富的营养；具有一定的持水性，满足了微生物对水分的要求；各种土壤的酸碱度多接近中性，渗透压在303.9KPa-607.8KPa，基本上适合微生物的需要；土壤的团粒结构调节了空气和水分的含量，适合多种好氧和厌氧微生物的生长；唯独一般在10℃-30℃之间，适宜微生物生长，土壤的覆盖保护微生物免遭紫外线的杀害，因此为微生物的生长、繁殖提供了有利条件。所以土壤素有“微生物的天然培养基”之称。
微生物超标无疑已经成为食品生产企业必须迈过食品安全的一道坎，也是世界各国所面临的共同难题，因此在食品加工过程中的各个点引入快检方法、加强食品卫生的监控是保障食品安全的有效措施。
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