细菌的特殊结构包括荚膜、鞭毛、菌毛和芽胞。
荚膜的作用：保护细菌免受宿主吞噬细胞的吞噬，减少或避免体内溶菌酶、补体、抗菌抗体及抗菌药物等杀菌物质对细菌的损伤，因而是构成细菌致病力的重要因素；荚膜成分具有较强的抗原特异性，据此可对细菌进行鉴别和分型。
鞭毛的功能：鞭毛是细菌的运动器官；抗原性；致病性；趋化性。
根据菌毛的功能，可将菌毛分为普通菌毛和性菌毛。普通菌毛是细菌的粘附结构，细菌可借普通菌毛牢固粘附于易感细胞上，与细菌的致病性密切相关；性菌毛与某些细菌遗传物质的传递有关。
芽胞的功能与作用：芽胞的形状、大小及其在菌体中的位置随菌种不同而异，可用以鉴别细菌；芽胞对各种理化因素都有很强的抵抗力；由于芽胞的抵抗力强，灭菌时，均要以杀灭芽胞为标准。
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