（一）细菌 绝大多数（95％以上）的医院内感染为细菌所致，其中60％～65％为革兰阴性杆菌，主要为大肠杆菌、肺炎杆菌、变形杆菌等肠杆菌科细菌、绿脓杆菌和不动杆菌属，聚团肠杆菌污染输液后引起败血症的情况近年来时有报道。新生儿病房，鼠伤寒杆菌及痢疾杆菌感染的暴发流行也偶有发生。引起医院内感染的病原菌常对多种抗菌药物耐药。
金黄色葡萄球菌（金葡菌）、表皮葡萄球菌（表葡菌）等凝固酶阴性葡萄球菌和肠球菌是医院内感染常见的革兰阳性球菌。金葡菌耐药性仍很严重，目前临床上产青霉素酶的菌株达90％以上，耐甲氧西林金葡菌也日益增多，在一些大医院中可占葡萄球菌临床分离株的60％或以上，并可在医院某些病区造成爆发流行。在留置静脉导管、静脉导管及脑室引流管病人中以表葡菌较为常见，呈上升趋势，表葡菌亦可引起骨科人工装置、人工心脏瓣膜等的感染。肠球菌主要引起尿路感染和伤口感染，近年来随着头孢菌素类的广泛应用，各种肠球菌感染有增多趋势。B组溶血性链球菌为新生儿脑膜炎和败血症的主要致病菌，A组溶血性链球菌可引起术后伤口感染。
嗜肺军团菌和其它军团菌属为医院内肺部感染常见病原菌。据报道嗜肺军团菌肺炎的发病率约占医院内获得性肺炎的3～10％。生长较快的分支杆菌，如鸟分支杆菌（Mavium）、龟分支杆菌（M．chelonei）和偶然分支杆菌（M．fortuitum）等可在心脏手术后造成胸骨骨髓炎、心包炎和心内膜炎，以及其它外科手术伤口感染和肌肉注射引起的感染。胎儿弯曲杆菌为腹泻的致病菌之一。
类杆菌为厌氧菌感染最常见的病原菌，可引起胃肠道和妇科手术后的腹腔和盆腔感染，梭杆菌属、消化球菌和放线菌属等可引起口腔及呼吸系统的感染，如吸入性肺炎、坏死性肺炎、肺脓肿、脓胸等。由类杆菌、丙酸杆菌所致的败血症和心内膜炎并非少见。抗生素应用后发生的肠炎系由难辨梭菌所致，后者可在医院内散播。
（二）真菌 念珠菌、曲菌和某些其它条件致病性真菌为二重感染的常见致病菌，多发生于应用抗生素和皮质激素的病人以及粒细胞减少患者。念珠菌属中80％为白色念珠菌，近年来热带念珠菌、克柔念珠菌有增多趋势。念珠菌除为医院内肺部感染和消化道感染的病原菌外，也可在静脉保留插管时引起败血症和免疫缺陷病人造成粘膜皮肤念珠菌病。曲菌为急性非淋巴细胞白血病病人感染中常见致病菌之一，曲菌肺部感染亦并非少见。此外在免疫缺陷病人中隐球菌性脑膜炎也可发生。由于绷带和筒形石膏污染可造成根霉菌和曲菌蜂窝织炎。
（三）病毒 病毒也是医院内感染的重要病原体。常见的病毒性院内感染有呼吸道合胞病毒和副流感病毒所致的呼吸道感染、流感、风疹、病毒性肝炎等。新生儿对鼻病毒最易感，柯萨奇病毒B可引起新生儿感染并形成流行。由轮状病毒和诺瓦克因子所致的腹泻多发生于婴儿和老年人。单纯疱疹病毒、巨细胞病毒和疱疹-水痘病毒皆可在医院内形成流行。
（四）其他 沙眼衣原体所致的结膜炎和肺炎见于新生儿。尿支原体和Gardnarella vaginalis可寄殖于肾移植病人，后者也易感染肺孢子虫和弓形体。输血时可传播疟疾等。阿米巴原虫、犬弓首蛔虫和粪类圆线虫感染常见于精神病病人或智能低下儿童。类圆线虫也可借器官移植而散播。
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