抗肠球菌感染的药物有多种（见表2），临床医师应根据抗生素应用的临床指征和实验室分离株的耐药情况合理选用抗生素,控制细菌耐药性增长,延长抗生素使用寿命。对肠球菌感染的治疗, 需要结合肠球菌的最新流行病学资料及耐药特点来选择相应的治疗方案（见表3）。
特殊人群的抗肠球菌感染药物选择应慎重
对老年人、儿童、妊娠妇女等特殊人群，选择使用抗生素时必须倍加注意。
小儿 如氨基糖苷类药物及万古霉素给小儿使用，可以引起耳、肾毒性等。新生儿感染时应避免应用毒性大的抗菌药物，包括主要经肾排泄的氨基糖苷类、万古霉素、去甲万古霉素等以及主要经肝代谢的氯霉素。新生儿期由于肾功能尚不完善，主要经肾排出的青霉素类、头孢菌素类等β内酰胺类药物需减量应用，以防止药物在体内蓄积导致严重中枢神经系统毒性反应的发生。
妊娠妇女 在给妊娠妇女用药过程中，除了考虑成人以外，还需避免使用对胎儿有影响的药物。对妊娠妇女相对比较安全的抗生素是青霉素类和头孢菌素类、红霉素类。妊娠期患者接受氨基糖苷类、万古霉素、去甲万古霉素、氯霉素、磺胺药时必须进行血药浓度监测，以保证用药安全有效。
老年人 老人随着年龄的增长，肝、肾、心、肺功能逐渐减退，用药时要注意减量使用、延长用药间隔等。老年患者宜选用毒性低并具杀菌作用的抗菌药物，青霉素类、头孢菌素类等β内酰胺类为常用药物，毒性大的氨基糖苷类、万古霉素、去甲万古霉素等药物应尽可能避免应用。有明确应用指征时需严密监测，以达到用药安全、有效的目的。
肾功能减退者 对于这一特殊人群，应选用无肾毒性或肾毒性低的抗菌药物。对于主要由肝胆系统排泄或由肝脏代谢，或经肾脏和肝胆系统同时排出的抗菌药物，维持原治疗量或剂量略减。肾毒性抗菌药物应避免使用，如确有指征使用该类药物时，需进行血药浓度监测，也可按照肾功能减退程度（以内生肌酐清除率为准）减量给药，疗程中需严密监测患者肾功能。
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