从20世纪80年代开始就有研究者进行微生物细菌微胶囊的探索，研究较多的细菌有双歧杆菌、乳酸菌、苏云金杆菌、白僵菌等。目前，国内外已经有多种微胶囊化技术应用在微生物领域，主要包括:
(1)锐孔一凝固浴法
革兰氏阴性菌微胶囊制备技术的研究国外利用锐孔一凝固浴法制备，最早主要是海藻酸钙的单层包埋，逐渐发展成为多层包埋。
(2)流化床包膜法
将菌体浓缩液或经冷冻干燥后的干菌粉通过挤压制成球状干颗粒，在流化床上用肠溶性材料(海藻酸钠等)喷雾涂膜，产品室温贮藏时涂膜的比未涂膜的存活率高40倍，在低pH下贮藏时涂膜的存活率也较高。
(3)熔化分散冷凝法
例如将双歧杆菌菌粉分散于融点高于体温的硬化油中，搅拌均匀后喷雾，能够得到一定粒径，且菌体较稳定的微胶囊。
(4)乳化交联法
例如将双歧杆菌冻干粉与壳聚糖溶液混匀，并悬浮于大豆色拉油中(以SPan85为乳化剂)，乳化后加入对苯二甲酞氯交联反应，制备了双歧杆菌微胶囊。
(6)喷雾干燥法
喷雾干燥是食品工业应用最为悠久、最为广泛，也是成本极为廉价的一种微胶囊方法。不少研究也尝试了应用于益生菌的微胶囊化。例如在魏华等喷雾干燥微胶囊化保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌的研究中，喷雾干燥的同时形成微胶囊有利于提高菌体在喷雾干燥过程中的性，从而提高活菌存活率，达到78%；而且喷雾干燥的微胶囊产品活菌数随保藏时降的速度缓慢，活菌保存期显著延长。
(7)吸附法
以淀粉和碳酸钙粉末吸附微囊化的双歧杆菌在干燥过程中死亡率明显下降，在室温条件下保存其存活率比未微囊化的有较大提高。
(8)原位聚合法
袁青梅等以蜜胺树脂作为囊壁材料，使用原位聚合法对生物农药阿维菌素进行制备微胶囊制剂.结果表明蜜胺树脂是较好的生物农药用微胶囊缓释剂型的囊壁其制备工艺简单，具有良好的的外观形貌、粒径大小分布、稳定性、悬浮性等，包封83.24%，与未经包囊的阿维菌素相比具有良好的缓释性能。
(9)双层包埋法(复凝聚法)
陈健凯等采用双层包埋法，以牛奶蛋白为内层包埋剂，卡拉胶和刺槐豆胶为包埋剂对嗜酸乳杆菌和干酪乳杆菌进行双层包埋。乳酸菌在pH=2.1胃酸环境的存包埋嗜酸乳杆菌为87%，包埋干酪乳杆菌为90%，未包埋乳杆菌不耐强酸，几乎全部死亡。包埋乳酸菌加入到酸奶中，在储藏期的第9天，包埋嗜酸乳杆菌存活率为57%，包埋干酪乳杆菌存活率为50%，而是热链球菌存活率为3.2%，保加利亚乳杆菌存1.3%。显示出包埋后的乳酸菌稳定的生物活性。
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