连续离心技术是工业生产中获得包涵体最经常使用的操作。由于细胞碎片的密度比包涵体小,则沉降的速度比包涵体要小,连续的悬浮、离心可以把大部分的包涵体离心下来,而细胞碎片逐步除去。SDS-PAGE(十二烷基硫酸钠-聚丙烯酞胺凝胶电泳)分析发现,离心的方法可以达到沉降物中的蛋白质的含量大于90%。
当细胞碎片与包涵体混在一起难于分离时,可以采用一些化学的方法把细胞碎片离子交换色谱复性蛋白质与包涵体分离开,否则溶解包涵体以后,膜蛋白质溶在包涵体蛋白质的溶液中,会污染以后的操作。特别如果一些膜蛋白质具有蛋白质酶的活性,则溶解以后的包涵体蛋白质可被降解。如果溶解原核细胞膜蛋白质的一些溶剂不能溶解包涵体蛋白质时,可以使用溶解的方法把膜蛋白质除去。最经常的选择性溶解膜蛋白质的方法是利用鳌合金属的试剂如EDTA、中性的去垢剂如Triton X-100,或者一些盐如,脱氧胆酸盐,或者弱离液剂,如2mol/L的脲。Babbit等人发现经过前面的步骤,可以提高肌氨酸激酶的复性收率,活性提高的原因是使用弱的去垢剂辛基糖除去了蛋白质酶。
离心和高压匀浆都有可能产生泡沫,所以必须在工业规模中避免这种无谓的损失。有些工业生产中,分离以前在发酵罐中把细胞杀死使细胞内的物质释放出来,并同时溶解或者不溶解包涵体蛋白质。这种在线杀死细胞的方法己经用来生产两种蛋白质:在碱性条件下溶解类胰岛素生长因子和高温、酸性条件下生产重组的抗真菌肽段。这种方法的优点是可以节省操作时间以及能量消耗,仅仅需要一步离心的步骤。最经常使用的杀死细胞的试剂有苯乙醇,辛酸,氯仿,甲苯等。杀死细胞时也有缺点,溶解的目标蛋白质中含有蛋白质或者非蛋白质的物质,降低了蛋白质的纯度;如果目标蛋白质没有被溶解,则杀死细胞会使可溶蛋白质产生沉淀,使得包涵体的纯化比较困难,或者破坏包涵体内部的重组蛋白质。
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