鼠疫耶尔森氏菌、霍乱弧菌(包括EL-tor弧菌)、天花病毒、黄热病毒(黑毒株)、新疆出血热(克里米亚刚果出血热)病毒、东、西方马脑炎病毒、委内瑞接马脑炎病毒、拉沙热(Lassa)病毒、马堡(Marburg)病毒、埃波拉(Ebola)病毒、猴疱疹病毒(猴B病毒)；粗球孢子菌、荚膜组织胞浆菌、杜波氏组织胞浆菌。
2 中度危害性
土拉弗郎西丝氏菌、布氏菌、炭疽芽胞菌、肉毒梭菌、鼻疽假单胞菌、类鼻疽假单胞菌、麻风分枝杆菌、结核分枝杆菌。狂犬病病毒(街毒)、森林脑炎病毒、流行性出血热病毒、国内尚未发现病人在国外引起脑脊髓炎及出血热的其它虫媒病毒、登革热病毒、甲、乙型肝炎病毒；各种立克次氏体(包括斑疹伤塞、Q热)；鹦鹉热、乌疫衣原体、淋巴肉芽肿衣原体；马纳青霉、北美芽生菌、付球孢子菌、新型隐球菌、巴西芽生菌、烟曲霉。
3 低度危害性
脑膜炎奈瑟氏菌、肺炎双球菌、葡萄状球菌、链球菌、淋病奈瑟氏菌及其它致病性奈瑟氏菌、百日咳博德特氏菌、白喉棒杆菌及其它致病性棒杆菌、流感嗜血杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠埃希氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、空肠弯曲菌、酵米面黄杆菌、付溶血性 弧菌、变形杆菌、李斯特氏菌、铜绿假单孢菌、气肿疽梭菌、产气荚膜梭菌、破伤风梭菌及其它致病梭菌；钩端螺旋体、梅毒螺旋体、雅司螺旋体。乙型脑炎病毒、脑心肌炎病毒、淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒以及未列入一、二类的其它虫媒病毒、新必斯(Sindbis)病毒、滤泡性口炎病毒、流感病毒、付流感病毒、呼吸道合胞病毒、腮腺炎病毒、麻疹病毒、脊髓灰质炎病毒、腺病毒、柯萨奇(A及B组)病毒、艾柯(ECHO)病毒及其它肠道病毒、疱疹类病毒(包括单纯疱疹、巨细胞、EB病毒、水痘病毒)、狂犬病固定毒、风疹病毒；致病性支原体；黄曲霉、梨孢镰刀菌、蛙类霉菌、放线菌属、奴卡氏菌属、石膏样毛癣菌(粉型)、孢子丝菌。
4 微度危害性
生物制品、菌苗、疫苗生产用各种减毒、弱毒菌种及不属于上述三类的各种低致病性的微生物菌种。
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