水是一种良好的溶剂。水中往往溶解着一定量的无机和有机物质，可供微生物生长繁殖。然而，清洁水体的微生物含量并不高，通常每 ml 水中只有几十至几百个细菌。清洁水体的微生物以自养菌为主，对人类无害。常见的化能自养型细菌有硫细菌、铁细菌、鞘细菌。光能自养型细菌有绿细菌、紫细菌和蓝细菌。另外还有无色杆菌属、色杆菌属和微球菌属等腐生性细菌。
然而，清洁水体经常受到土壤、垃圾、人畜粪便、以及各种污水的污染。一旦这些污染物中的病原菌进人水体，或这些污染物引起某些藻类大量繁殖，就可使水质严重恶化，危害人类。
（一）可检出的病原菌及其危害
1. 病原性细菌
沙门氏菌属 （ Salmonella ） 在病人粪便、畜栏粪污和屠宰场污水中，均可携带沙门氏菌。将这些废物排入水体，便可能引起沙门氏菌污染。如果排至水产养殖场，还可能污染水产品。沙门氏菌属中的伤寒沙门氏菌（ Salmonella typhi ）和副伤寒沙门氏菌（ Salmonella paratyphi ）分别是伤寒和副伤寒疾病的病原菌。有些沙门氏菌则可引起急性肠胃炎，造成食用者的集体中毒。
志贺氏菌属 (Shigella ) 存在于菌痢患者和短时带菌者的粪便中。水体遭受菌痢患者的粪便污染时，从中捕得的鱼体内可立博球探论坛到这属细菌。志贺氏菌病主要通过食物或接触传染，假如饮用水源受到污染，极有可能导致水型痢疾的暴发流行。
霍乱弧菌 可引起霍乱病，它是一种通过饮用水传播的烈性传染病。
致病性大肠杆菌 粪便中的某些大肠杆菌能引起水泻、呕吐等病症，称为致病性大肠杆菌。其中，有的大肠杆菌能产生肠毒素而导致强烈腹泻，称为产肠毒素大肠杆菌。因此，携带致病性大肠杆菌的粪便污染水体时，可产生严重的恶果。
2 、钩端螺旋体
存在于已受感染的动物（如猪、马、牛、狗、鼠等）的尿液内、能以水为媒介，通过破损的皮肤或粘膜侵人人体，引起出血性钩端螺旋体病。
3 、病毒
存在于人的肠道里 并能通过粪便污染水体。在水型暴发的病毒性传染病中，研究较多的是传染性肝炎。流行病学调查证明，在世界各地传播的传染性肝炎 主要由水体污染所致。
4 、寄生虫
溶组织阿米巴是阿米巴痢疾的病原体，又称痢疾变形虫。阿米巴痢疾主要通过粪便污染食物和饮用水而传播。
防治水体病原微生物污染的主要措施是：① 加强对污水的处理。对于医院、畜牧场、屠宰场和禽蛋厂等部门的污水，必须处理达标，否则不许排放。 ② 加强对饮用水的处理。饮用水必须符合水质标准。对于农村的分散式给水 应采用煮沸或加漂白粉等方式消毒，以杀死水中可能存在的病原体。
（二）富营养化及其危害
所谓富营养化是指含有氮、磷等营养物质的废水大量排入湖泊、河口、海湾等缓流水体，促使藻类以及其他浮游生物迅猛增殖，从而引起水质恶化，导致鱼类及其他生物大量死亡的现象。其指标为：氮含量超过 0.2~0.3mg/L ，生化需氧量超过 10mg/L ，水中的细菌总数超过 10 5 个 /L ，表征藻类数量的叶绿素 a 含量大于 10 μ g/L 。
在一般情况下，受氮、磷含量，特别是磷含量的限制，水体中藻类和浮游生物不致于过度增殖而出现富营养化。然而，当水体受废水污染时，营养物质的增加可导致自养型生物，尤其是藻类的剧增，生物种群也因此而改变。例如，水体中的藻类本来以硅藻为主，受污染后可变为以蓝藻为主。蓝藻的大量出现是水体富营养化的明显征兆。一旦水体达到富营养化指标，即可显示出富营养化带来的危害。
富营养化的危害有：① 造成水体透明度下降，影响水生植物的光合作用。② 某些浮游生物可产生生物毒素（如石房蛤毒素），伤害鱼类。③ 藻类及其他水生生物死亡后，其残体被好氧微生物降解而消耗水中的溶解氧。其残体被厌氧微生物降解则可产生硫化氢等有害气体，它们均可危及水生生物（主要是鱼类）的生存。④ 经过微生物的转化，在富营养化的水中，常常出现亚硝酸盐和硝酸盐，长期饮用这种水，人畜会中毒致病。
防治水体富营养化的措施为：① 严格控制营养物质（主要是氮和磷）进入水体。② 疏浚底泥，除去水草和藻类。③ 引入低营养水稀释。④ 饲养草食性或杂食性鱼类。
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