胃肠道是一个开放的环境。在动物出生前，胃肠道是一条无菌的管道。动物出生时，细菌等微生物立即通过食物、饮水、土壤、空气以及皮肤等途径开始进入肠道，并在肠道中定植，形成肠道菌群。菌群是胃肠道中一个复杂的微生物群体，主要由细菌组成，具有非常重要的生理作用。据估计，在动物的胃肠道中栖居着大约 30 属 500 多种细菌，主要由厌氧菌兼性厌氧菌和需氧菌组成，其中专性厌氧菌占99%以上，仅类杆菌及双歧杆菌就占细菌总数的90%以上。正常肠道菌群是指在动物肠道内存在的微生物层，在正常情况下即动物处于健康状态时，这些微生物并不会引起动物表现异常或发生致病现象，这一微生物层被称为正常菌群或固有菌群和原籍菌群。这些正常菌群是动物机体内环境中不可缺少的组成部分，对动物宿主是有益无害的。在不同的部位，细菌的数量和种类都有所不同，形成了一个庞大而复杂的微生态系统。虽然随着动物年龄增长、营养变化等因素的影响，肠道菌群可以发生变化。但是，肠道正常菌群的种类、每种细菌的数量及所占的比例、不同细菌所定植的部位等在每一种动物则是相对稳定的。一个稳定菌群的建立是一种复杂的过程。这个过程受宿主与菌群成员之间互作的影响。所以，肠道菌群自身以及与宿主之间始终处于一种动态的平衡中。这种平衡和稳定对动物机体的生理功能具有十分重要的作用，对宿主的健康具有深远的影响。已经证实，动物的日粮、抗生素的使用以及给予益生素都会影响肠道菌群的组成。
从主要的功能和作用上分，肠道菌群一般可以分为有益菌、条件致病菌和病原菌 3 个部分。有益菌与宿主之间表现为共生关系，故又称为共生细菌或共栖细菌，为专性厌氧菌，是肠道中的优势菌群。共生一词的意思是“坐在同一个餐桌上”。虽然共生细菌可以产生与宿主竞争营养的不利作用，但是，也具有生物拮抗、营养及免疫调节等对宿主有利的作用。共生细菌主要包括双歧杆菌、乳杆菌、芽孢杆菌、以及丁酸梭菌等；条件致病菌也可以与宿主共生，以兼性需氧菌为主，为肠道中的非优势菌群，在肠道微生态处于平衡状态时是无害的，在特定的条件下具有侵袭性，对动物机体有害，如肠球菌、肠杆菌等；病原菌多为过路菌，长期定植的机会少，在肠道微生态平衡时，由于这些细菌数量少，不会致病。但是，如果大量繁殖使数量超出正常水平时，则可引起动物发病，如沙门氏菌、致病性大肠杆菌、梭状芽孢杆菌等。
肠道中的共生细菌有许多有益的作用，可以通过定植粘附竞争占位等非免疫调节作用来稳定微生态环境，保持动物的健康，还可以通过提高机体的体液免疫水平和细胞免疫水平来增强机体的免疫防御机能，提高动物的抗病能力。除此之外，共生细菌可以包括通过碳水化合物发酵产生能量、合成维生素如维生素B和 K 等对动物产生营养作用。这些作用对于保持动物的健康与生产性能都很重要的。
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