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霉菌菌丝粗长，其菌落疏松，呈绒毛状、棉絮状或蛛网状。有的菌落呈圆形，有的无定形。由于其形成的孢子不同故其菌落常呈现肉眼可见的不同结构和色泽特征。
酵母菌菌落多类似细菌菌落，但大而厚，湿润、粘稠、易挑起，某些菌种长时间培养而呈皱缩状。颜色多为乳白、少数红色。
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